Mit der Schlussdesinfektion werden Räume oder Bereiche so hergerichtet, dass nachfolgende Patienten bzw. Bewohner ohne Infektionsrisiko behandelt oder gepflegt werden können. Eingesetzt wird diese Desinfektionsmaßnahme in Räumen oder Bereichen, in denen ein infizierter oder kolonisierter Patient/Bewohner gepflegt oder behandelt wurde. Je nach vorliegender Erkrankung oder Erregertyp sind alle patientennahen Flächen/Gegenstände bzw. alle erreichbaren Flächen (z.B. auch Fußböden bzw. Wände) zu desinfizieren.
Für die Desinfektion wird die Verwendung eines bakteriziden, levuroziden und begrenzt viruziden Flächen-Desinfektionsmittel empfohlen. Ggf. müssen andere Konzentrationen und Desinfektionsmittel mit einem erweiterten Wirkungsspektrum verwendet sowie veränderte Einwirkzeiten als bei der Routinedesinfektion beachtet werden.